نقایص مجرای ادرار که علائمی مانند انسداد ایجاد می کنند معمولاً باید با جراحی اصلاح شوند.
کودکانی که دارای انسداد مجرای ادرار هستند تحت عمل جراحی قرار می گیرند تا در اسرع وقت انسداد برطرف شود. کودکانی که مجرای ادراری غیرطبیعی، باریک یا از دست رفته دارند ممکن است برای اصلاح این نقایص به جراحی نیاز داشته باشند.
پسرانی که دریچه پیشابراه خلفی دارند در صورت تشخیص تحت عمل جراحی قرار می گیرند. جراحی برای رفع انسداد و جلوگیری از آسیب بیشتر کلیه انجام می شود. عمل جراحی معمولاً با استفاده از سیستوسکوپ (لوله کوچکی با دوربین در انتهای آن و وارد مجرای ادرار) انجام میشود تا بافت اضافی که باعث انسداد میشود، جدا شود. حتی پس از جراحی، مثانه ممکن است به طور طبیعی عمل نکند و پسران ممکن است به کاتتریزاسیون یا جراحی اضافی نیاز داشته باشند. کاتتریزاسیون تخلیه مثانه با قرار دادن یک لوله نازک و انعطاف پذیر (کاتتر) از طریق دهانه مجرای ادرار به داخل مثانه است.
پسران مبتلا به هیپوسپادیاس بسته به شدت ممکن است برای ترمیم نقص و اصلاح سایر نقایص موجود مانند کوردی تحت عمل جراحی قرار گیرند.
به دختران مبتلا به افتادگی مجرای ادرار ممکن است کرم حاوی استروژن برای کاهش علائم داده شود. افتادگی مجرای ادرار معمولاً با گذشت زمان از بین می رود و به ندرت نیاز به جراحی دارد.