زیست شناسی هرگز ساده نیست. از آنجا که محققان در خواندن و تنظیم ژن ها برای درمان این بیماری قدم می گذارند ، یک گروه شواهد در حال رشد نشان می دهد که پروتئین ها و متابولیت های اطراف این ژن ها را نمی توان نادیده گرفت.
MIT Spinout Reviveted سکویی برای اندازه گیری محصولات متابولیکی مانند متابولیت ها ایجاد کرده است – لیپیدها ، کلسترول ، شکر و کربوهیدرات. این شرکت از این اندازه گیری ها برای آشکار کردن این اندازه گیری ها استفاده می کند تا نشان دهد که چرا برخی از بیماران نیروهای محرک دیگران را بهتر درک نمی کنند و وقتی بهتر نمی فهمند ، به درمان واکنش نشان می دهند.
“ما از لحاظ تاریخی چند صد متابولیت را با دقت بالا اندازه گیری کرده ایم ، اما برخی از متابولیت های موجود در بدن ما ، لو لیلا پیرخجی پیروجی پیرخجی پیجی ، که این شرکت را با استاد ارنست فرینکل تأسیس کرده است ، می گوید:” بین آنچه ما به درستی در بدن خود اندازه گیری می کنیم شکاف بزرگی وجود دارد.
پیشرفت Revivemed ، جامعه پزشکی گسترده تر ، متابولیت های نامنظم به طور فزاینده ای با بیماری هایی مانند سرطان ، آلزایمر و بیماری قلبی عروقی همراه است. Reviveted از بستر خود برای کمک به برخی از بزرگترین شرکت های دارویی جهان برای یافتن بیماران برای بهره مندی از درمانهای خود استفاده می کند. همچنین برای کمک به اطلاعات از داده های متابولیت استفاده نشده ، نرم افزار رایگان را به محققان دانشگاهی ارائه می دهد.
پیراجی می گوید: “ما فکر می کنیم که می توانیم بر مشکلات داده ای غلبه کنیم که عملکرد متابولیت ها را با منطقه انفجار AI محدود می کند.” “هیچ مدل اساسی برای متابولیک وجود ندارد ، اما می بینیم که چگونه این مدل ها زمینه های مختلفی مانند ژنومی را تغییر می دهند ، بنابراین ما شروع به پیشرفت آنها می کنیم.”
یک چالش پیدا کنید
Pirhaji قبل از آمدن به MIT برای حفظ مهندسی بیولوژیکی دکترا در سال ۲۰۱۰ در ایران متولد و بزرگ شد. او قبلاً مقالات تحقیقاتی Fraenkel را خوانده بود و از کمک به مدل های شبکه ای که داده های یکپارچه را از منابع مانند ژنوم ، پروتئین ها و سایر مولکول ها یکپارچه کرده بود ، هیجان زده بود.
Fraenkel ، که هم اکنون در هیئت Revivemed مشغول به کار است ، گفت ، IK ما در مورد آنچه می توانید انجام دهید وقتی می توانید همه چیز را اندازه گیری کنید – ژن ها ، RNA ، پروتئین ها و متابولیت ها و لیپیدها فکر می کنیم ، گفت: “ما احتمالاً فقط ۰.۱ درصد از مولکول های کوچک بدن را اندازه گیری می کنیم. ما فکر کردیم که این مولکول ها باید به همان اندازه که برای دیگران وجود دارد جامع باشد.
در حدود نیمی از مدرک دکترا ، پیجی برای جمع آوری داده های مربوط به متابولوم – مولکول های کوچک ، که محصولات فرآیندهای متابولیکی هستند ، نمونه هایی را برای همکاری در دانشگاه هاروارد ارسال کرد. وی یک صفحه بزرگ اکسل را با هزاران خط داده به Pirhaji ، یک کارمند مشترک ارسال کرد ، گفت که آنها نمی دانند که داده های دیگر چیست ، اما آنها گفتند که این بهتر از نادیده گرفتن همه چیز فراتر از ۱۰۰ خط برتر است. او آن را به عنوان یک چالش در نظر گرفت.
“شاید من فکر کنم که ما می توانیم از مدل های شبکه خود برای حل این مشکل استفاده کنیم ، پیر پیراجی به یاد پیراجی می پردازد.” عدم اطمینان زیادی در داده ها وجود داشت و برای من بسیار جالب بود زیرا هیچ کس قبلاً آن را امتحان نکرده بود. به نظر می رسید یک شکاف بزرگ در میدان است. “
Pirhaji یک نمودار اطلاعاتی عالی ایجاد کرده است که شامل میلیون ها تعامل بین پروتئین ها و متابولیت ها است. داده ها غنی بودند ، اما پراکنده بودند – پیجی به محققانی گفت که نمی توانند در مورد این بیماری چیزی بگویند. این روش جدید برای توصیف مسیرها و ویژگی های متابولیکی برای مفیدتر شدن آن ایجاد کرده است. در روزنامه ۲۰۱۶ روش های طبیعتوی سیستم را توصیف کرد و از آن برای تجزیه و تحلیل تغییرات متابولیک در مدل بیماری هانتینگتون استفاده کرد.
در ابتدا ، پیراجی قصد تأسیس شرکتی را نداشت ، اما در سالهای آخر دکتری خود شروع به تحقق پتانسیل تجاری فناوری کرد.
پیر پیجی می گوید: “هیچ فرهنگ کارآفرینی در ایران وجود ندارد.
پیراجی شروع به درس در دانشکده مدیریت MIT Sloan ، از جمله ۱۵۳۷۱ درس (تیم های نوآوری) کرد ، جایی که او با همکلاسی های خود کار کرد تا در مورد چگونگی استفاده از فناوری خود فکر کند. او همچنین از MIT Venture Merning و MIT Sandbox استفاده کرد و به Martin Trust ، Delta V Start -up شتاب دهنده کارآفرینی MIT پیوست.
هنگامی که پیجی و فراینکل به طور رسمی Revivemed را تأسیس کردند ، آنها با دفتر مجوز فناوری MIT برای دسترسی به حق ثبت اختراعات در کار خود همکاری کردند. پیراجی بیشتر از آن زمان این بستر را برای حل مشکلات دیگری که از مذاکرات با صدها رهبر در شرکت های داروسازی کشف کرده است ، توسعه داده است.
ReviveMed با بیمارستانها شروع به کار کرد تا نشان دهد که چگونه لیپیدها در بیماری معروف به استئاتهپاتیت به دلیل اختلال در عملکرد متابولیک نامنظم هستند. در سال ۲۰۲۰ ، Reviveted با Bristol Myers Squibb همکاری کرد تا تخمین زده شود که چگونه زیر مجموعه های بیماران سرطانی نسبت به ایمونوتراپی شرکت واکنش نشان می دهند.
از آن زمان ، ReviveMed با شرکت های مختلفی از جمله چهار شرکت برتر داروسازی جهانی همکاری کرده است تا به آنها در درک مکانیسم های متابولیکی در پشت درمان خود کمک کند. این بینش ها به شناسایی بیمارانی که بیشترین سود را از درمان های مختلف دارند ، کمک می کند.
Pirhaji می گوید Pirhajii می گوید: “اگر بدانیم که بیماران از هر دارویی بهره مند می شوند ، که واقعاً باعث کاهش پیچیدگی و زمان مرتبط با مطالعات بالینی می شود.
مدل های تولیدی برای متابولیک
در اوایل سال جاری ، ReviveMed خوشه ای از داده ها را بر اساس دوقلوهای دیجیتال بیماران و ۲۰،۰۰۰ بیمار برای ایجاد مدل های هوش مصنوعی تولیدی برای تحقیقات متابولیک جمع آوری کرد. Reviveted مدلهای تولیدی خود را برای محققان دانشگاهی غیر انتفاعی قابل استفاده می کند ، که می تواند درک ما را در مورد چگونگی تأثیر متابولیت ها بر تعدادی از بیماری ها تسریع کند.
پیر پیراجی می گوید: “ما از استفاده از داده های متابولیک دموکراتیک می کنیم.” دریافت اطلاعات از هر بیمار در جهان برای ما غیرممکن است ، اما می توان از دوقلوهای دیجیتالی ما برای یافتن بیمارانی که می توانند با پیدا کردن بیمارانی که ممکن است در معرض خطر بیماری های قلبی عروقی باشند بهره مند شوند. “
این مطالعه بخشی از مأموریت ایجاد مدلهای اساسی متابولیک است که در آن ReviveMed می تواند برای درک چگونگی تغییر بیماری ها و داروها متابولیت های بیماری ها و درمان ها را تغییر دهد.
“لیلا بسیاری از مشکلات دشوار را که با آنها روبرو هستید حل کرده است و در تلاش برای دریافت ایده از آزمایشگاه و تبدیل آن به چیزی محکم و تکرار شونده برای استقرار است.” در طول راه ، او فهمید که نرم افزاری که او ایجاد کرده است فوق العاده قدرتمند است و می تواند یک تحول گرا باشد. “